Находится в центре Бухары. Свое название получила от находившегося здесь прежде торгового ряда продавцов пряностей и лекарственных трав (аттаров). Мечеть на шесть метров ушла вглубь, так как около нее наросла почва за многовековое существование Бухары.
Наршахи рассказывает, что на этом месте когда-то стояла мечеть Мах, которая была построена на месте храма огнепоклонников. Рядом протекала река и находилась роща. Под тенью деревьев два раза в год устраивался базар, на котором продавались деревянные и глиняные идолы. На месте мечети, возможно, располагался буддийский монастырь, а позже - храм огнепоклонников, перестроенный в мусульманскую мечеть.
Раскопками, произведенными В. А. Шишкиным в 1934-1935 годах в мечети, обнаружены населения нескольких полов. Таким образом, не остается сомнения, что на месте мечети Магоки-Аттари находился языческий храм.
Мечеть Магоки-Аттари относится к типу так называемых закрытых мечетей, с перекрытием на шести каменных устоях (столбах). Южный ее портал представляет шедевр архитектурного декора. Портал и его нишевидный вход украшены резьбой по алебастру, кладкой из шлифованных кирпичиков, поливной майоликой и резной терракотой.
Большая часть внутреннего помещения с входом с восточной стороны занята широкой каменной лестницей, спускающейся к полу мечети. Лестница был приспособлена не только для того, чтобы по ней спускаться, но и служила местом для молящихся. Она построена уже после закладки южного портала.
